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Nel processo di fitoestrazione la pianta nell'estrarre acqua dal terreno estrae nello stesso tempo l’inquinante in essa disciolto e lo accumula all'interno del proprio apparato. Dopodiché l’inquinante è allontanato dal sito assieme alla pianta, che viene smaltita in discarica. In alternativa è possibile smaltire il materiale di sfalcio presso un termovalorizzatore.
Viste le sue peculiarità, la tecnologia di fitoestrazione trova più agevolmente applicazione in terreni caratterizzati da un basso contenuto di argilla.
